癌症DNA测试自由和要求艰难的问题

遗传肿瘤学的时代到了吗？上周，当FDA表示，已经是世界上最成功的癌症免疫治疗之一的默克药物彭博拉珠单抗（Keytruda）现在可以用特定的遗传指纹来治疗任何肿瘤时，生物医学世界在这个方向迈出了显着的一步。这是一种药物首次被批准用于基因型 - 肿瘤的遗传特征 - 无论肿瘤生长的器官或身体部位如何。

但是，用于破译癌症遗传指纹的商业测试仍然是一种精英工具，通常用于临床研究和主要癌症中心，只有保险公司才能对档案患者进行勉强报销。

当测试被使用时，他们经常会提出更多的问题，而不是答案 - 特别是对于没有像纽约的纪念斯隆凯特琳癌症中心，波士顿的达纳法伯癌症研究所或玛嘉烈医院癌症中心的癌症中心资源的医生来说，多伦多。在加利福尼亚州山景城的帕洛阿尔托医学基金会对待血液癌患者的埃德蒙·戴（Edmund Tai）在精神医学会议的最近一次讲话中提到了“知识差距” 。“不是每个人都去ASCO” - 这个周末的美国临床肿瘤学会每年一次的会议 - “或者一旦出来就读文学，”Tai说。

目前正在努力帮助所谓的社区医生开展前沿的肿瘤基因检测。一个正在使用缅因州的整个国家，缅因州是美国人口最多的国家。其中一百三十万人，分布在超过三万五千万平方英里的地方。主持人每年获得9,000例新的癌症诊断，该州少于100名肿瘤学家治疗。

由美国巴尔港私人非盈利组织杰克逊实验室管理的缅因州癌症基因组计划旨在在未来三，四年内提供高达1,800次免费测序，将原始DNA数据转化为参与医生的报告。它有一个850万美元的慈善礼物开始。

随着免费的DNA测试，该计划将为医生提供层层的教育和培训，其中一些帮助基本问题：哪些患者是适合这些测试的？当您向实验室发送测试时应该发生什么？

为了给医生提供与大型医疗中心相同的反馈和支持，该计划还创建了一个虚拟的全州“肿瘤委员会” - 定期会议，与同事和专家讨论令人困惑的案例。

88岁的杰克逊实验室（Jackson Lab）的总裁兼首席执行官爱迪生·刘（Edison Liu）也称为JAX，我们希望开创社区基因组医学。

由基础医学（NASDAQ：FMI），Guardant Health等公司出售的商业测序测试旨在指导为已经诊断出癌症的患者作出治疗决定的医生 - 例如，一旦缓解的癌症已经返回。但测试报告往往比一种药物或另一种药物的简单推荐更为复杂。

缅因州医疗中心肿瘤学家朱莉娅·穆哈尔斯卡亚（Julia Moukharskaya）说，“有很多数据，很难知道如何处理这些结果。”这是缅因州人口最多的地区之一的奥古斯塔，也是农村诊所不能旅行的病人

缅因医学主任Jens Rueter和肿瘤学家自己说，他的测试人员来自他的办公室“试图在新测定中销售你”，这导致医生测试患者，而不了解为什么。经过一年的参与，Rueter希望“临床医生会更好地了解哪些患者适合进行测试”。

（缅因州的倡议将使用在JAX开发的认证测试，而不是商业测试，但是Rueter说，这些课程应该广泛应用。

Rueter表示，JAX不会主张为测试而进行测试。“知道得更好吗？”鲁埃特问。换句话说：看来病人肿瘤的基因组图谱是一件好事。但是每个癌症患者都需要测序吗？您无法回答这个问题，而无需更容易获得测试，这就是缅因计划免费提供的原因。

肿瘤学家Kevin Knopf说，更好的答案也需要比缅因州提供更多的数据。Knopf已经在旧金山的Sutter Health离职，更多地关注癌症共同体，这是一个非营利的在线服务，帮助社区医生解码肿瘤DNA测试结果。Knopf说：“为了帮助所有患者，我们认为开源数据库具有最大的实用性。而不是目前的测试列出患者的突变和潜在的药物使用，报告应该排名治疗方式在线旅游网站排名最佳选择。

还有其他的原因使社区医生更有序。一个重大原因是不确定性。遗传测试还处于起步阶段。尽管偶然的治愈是在绝望的患者肿瘤DNA测序之后 - 达纳 - 法伯的首席科学家巴雷特·罗林斯（Barrett Rollins）在2015年底将其描述为“拉撒路病例” - 没有一个坚实的证据表明，人们的肿瘤导致更好的结果。

当时，包括Dana-Farber在内的七个癌症中心的联盟宣布了一个名为GENIE的癌症数据联盟; 在汇集他们的数据时，罗林斯希望他们的第一个努力将研究这个问题。美国癌症研究协会发言人说，没有任何雄心勃勃的事情开始，但汇总的数据已经产生了几个较小的研究成果。与GENIE无关的这项研究有助于测序患者改善其生存机会的想法，但并不是随机试验。

增加的不确定性是越来越多的认识到，两个主要测试 - Guardant Health和FoundationOne基金会的Guardant 360有时提供相同或相似的结果。证据迄今为止来自于小样本。最近（最小的样本）是去年十二月在“美国医学协会杂志” 发表的一项九人研究报告。

在研究中的9名患者中，一名患者在两项试验中均未发现遗传突变。另外八个有45个突变; 只有10个突变（或22％）通过两个测试进行鉴定。
对于这8名患者，这两份报告中只有9项推荐药物出现。当两项测试都确定了患者相同的突变时，推荐的药物是更紧密但不完美的：在两种报告中，有13种药物出现。

结果，添加到其他研究，正在提出有用的问题。加州大学圣地亚哥分校的研究人员在2016年初发表了一项168人的不符合研究报告，希望能够再发表两篇研究报告，约300名患者合并。UC San Diego个人化癌症治疗中心主任Razelle Kurzrock说，两项研究继续显示组织和液体活检之间的重叠以及差异。例如，肿瘤发展。Kurzrock说，两次测试之间的差距越长，重叠的可能性越小。（如Knopf癌症共同体，Kurzrock希望为医生提供解释服务;她已经帮助UCSD成立了一个名为CureMatch的创业公司，与癌症共同体不同，这是一个营利性机构。）

医生们渴望更多关注这个问题。犹他州大学儿科肿瘤学家Joshua Schiffman说：“这种基因组差异肯定是需要解决的临床挑战。

从基金会的财务数据来看，犹豫要依靠这些测试。去年，从销售测试到从业人员的收入下降至3800万美元，比2015年的4900万美元下降了22％。基金会去年从多数股东罗氏公司获得更多现金，罗氏公司在2015年购买了基金会近60％的股份，并支付基金会用于研发等费用。其创始人Michael Pellini今年早些时候转职，罗氏执行董事兼首席执行官。

Guardant是私人持有的，不报告销售数字，但官员说他们正在每年处理大约20,000个测试。据近期上调$百万360，使其总数5.5亿$。

守卫CEO Helmy Eltoukhy在最近的采访中承认“挑战”说服保险公司覆盖医生想要的癌症患者的测试
保持警惕癌症的回报。Eltoukhy说：“如果你早点吃癌，你应该做得更好。“但是在某些癌症类型中可能会有一个挑战。”

两种测试方法的区别很重要。基金会的旗舰测试将DNA从用活检针收集的肿瘤样品中排序。Guardant 360分析患者的血液样本。

组织活检就像从冰川中抽出冰块的核心：它产生一个狭窄的肿瘤子集，可能无法捕获肿瘤突变的全貌。根据肿瘤的位置，进行多次针刺活检可能不是一个选择。血液检查或“液体活组织检查”就像筛子，以过滤浮肿的细胞DNA流入血液。

卫冕高级医疗总监Justin Odegaard表示，血液和组织活组织检查都有优缺点。“但是如果这两个检测都发现[突变]，几乎肯定会出现这种情况，”他说，医生应该用针对这种突变的药物来靶向癌症。

基金会首席医疗官员文森特·米勒（Vincent Miller）通过一位发言人表示，“由基金会（PreciveOne）等严格的同行评议公布的数据支持的组织检测仍然是黄金标准。

有资源进行这两种测试的从业者都说是互补的。UCSD的Kurzrock说：“在我的实践中，我同时使用并推荐给他人。” “在诊断的时候，你肯定需要一个组织测试，因为你想看看细胞的病理。如果你要跟随病人，重复活组织检查是困难和痛苦的。血液[测试]适用于患者的连续样品。“

这表明采取两种测试和比较结果可能是最好的情况（尽管仍然不完美）。这也是很少有人负担得起的奢侈品。如果没有保险，每个测试费用将接近6,000美元。基金会报告说，Medicare每次测试报销的费用约为3,400美元，当时它同意偿还。该公司多年来一直在争取保险。

经过多年向Medicare提出的无偿付款申请，基金会希望美国保险制度在经过长时间的审查后可以在今年晚些时候完成。

同时，Guardant，Foundation和他们的竞争对手正在开发新产品，测试更多的可疑突变，本周末将在ASCO进行大量更新。有些人希望筛选出其他健康人群中最早的癌症，这是一个有大量怀疑论者的雄心勃勃的目标。

但是有很多问题首先要回答已经检测到的肿瘤的测序。这一过程的一部分还意味着帮助远离主要癌症中心的缅因州等地的医生首先提出正确的问题，最终导致正确使用排序作为更好的病人护理的一部分。正如Kurzrock所说：“不用看大象的不同部分，整个大象需要放在一起。”

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