更广泛的肿瘤组织取样可指导药物选择，改善结果
许多目前的基因组引导治疗方法，通常被称为“精密医学”，产生了不准确的结果。对于胃癌和食道腺癌（GEA）来说，这是常见的癌症。他们可能难以控制，经常被发现和诊断较晚。他们经常手术后复发，这些复发一般是不治之症。全球每年有超过700,000人死于全球自然保护区（GEA）。
该研究的资深作者，芝加哥大学医学副教授，副主任丹尼尔·卡特纳奇（Daniel Catenacci）博士说：“这些癌症患者之间广泛的遗传变异已经得到了更好的理解。“我们的研究旨在量化每个患者在接受任何治疗之前的基线变异水平。”
共同资深作者，达纳 - 法伯癌症研究所（Dana-Farber Cancer Institute）医学家兼医学博士Adam Bass博士说：“随着时间的推移，患者的癌症如何对靶向治疗产生耐药性已经在包括GEA在内的许多癌症中进行了研究。 Broad研究所的癌症项目。“GEA肿瘤的不寻常的遗传不稳定性使他们甚至在接受治疗之前也能进化并多样化。因此，即使在相同的解剖部位，癌症的各个区域也可以具有独特的特征。“
Catenacci说：“这对目前对一个肿瘤部位进行基因检测的教条以及试图将其与靶向治疗相匹配提出了严峻的挑战。“鉴于同一患者原发肿瘤和转移部位之间遗传学结果的高度差异，我们的研究表明我们应该专注于代表大部分肿瘤负荷的转移部位。这最终是我们患者出现问题的地方。“
Bass及其同事在“ 癌症发现 --Catenacci ”杂志上发表的一篇多机构研究报告 “基因组异质性作为胃食管腺癌精确治疗的屏障”中，探讨了原发肿瘤与其转移后代之间的遗传差异。他们评估了四个独立的转移性GEA患者队列。
在首批队列研究中，由首尔Sungkyunkwan大学医学院Jeeyun Lee博士领导的研究人员对来自配对同步原发和转移性肿瘤的样本进行了全外显子组测序。11名患者中的5名（45％）在原发肿瘤中不存在转移中的“不一致的致病性改变”。原发灶和转移灶之间平均有42％的突变和63％的基因扩增不同。这证实越来越多的意识到，仅基于原发性肿瘤的肿瘤分布可能导致次优或错误的治疗。
第二个队列，在达纳 - 法伯癌症研究所和匹兹堡大学，包括26 GEA患者。研究人员从原发肿瘤，局部淋巴结和远处转移中获取了多个样本。同样，他们发现原发肿瘤内的“显着异质性”以及原发性和转移性肿瘤之间的显着差异。
在第三个队列中，来自Dana-Farber的11名新病人 - 研究人员还评估了无细胞DNA（cfDNA）。这些是在血液中循环的小的DNA片段。使用cfDNA，这是比活检少侵入和昂贵，表明存在几个改变癌症相关基因。这些并不总是与原发肿瘤中发现的基因组畸变相一致。Bass说：“将cfDNA结果与原发肿瘤结果进行比较时发现的差异表明，身体其他部位可能包含与原发肿瘤不同的基因构成，这对治疗决策具有潜在的临床意义。
第四个队列 - 正在进行的一项名为PANGEA的实验性试验，包括28名患者，由Catenacci设计并以芝加哥大学医学院为基础的胃食管腺癌个体化抗体。该试验的一个重点是原发性肿瘤和转移性肿瘤活检的基因分析，以及来自Guardant Health的商业测定的cfDNA分析。这项分析旨在探索每位患者的变化。根据转移病灶和cfDNA而不是原发肿瘤的治疗决定，导致32％的病例（28个中有9个）发生药物治疗。cfDNA结果与转移病灶的结果一致为87.5％。
作者写道：“就我们所知，我们的研究是第一个系统地探索cfDNA作为一种手段来识别在未经治疗的转移性疾病中从标准的基于组织的检测中检测不到的治疗靶点”。作者怀疑导致临床获益。
Guardant Health公司首席医疗官员Rick Lanman医师表示：“在癌症中，通常是肺部，肝脏或大脑转移到患者身上，但是很难从这些部位安全地取得组织。“这项研究表明，我们可以在血液中使用ctDNA来鉴定在转移灶中获得这些可靶向改变的患者。原发性GEA肿瘤的组织活检并不总是能说明问题的全貌，而简单的血液检查可以提供转移性疾病的更全面的代表性，而无需多次侵入性活检。
一个例子是名为吉列尔莫（Guillermo）的病人，在PANGEA研究的队列4中治疗了4期胃癌，已经扩散到他的骨骼和肝脏。他的原发肿瘤的活检指出用抗HER2治疗（赫赛汀）治疗，但来自转移活组织检查的组织以及cfDNA分析对HER2阴性，抗表皮生长因子受体（EGFR）治疗（ABT -806）。所以，他们改变了每个研究协议的治疗方法。这是有区别的。吉列尔莫曾经是临终关怀医生，自从确诊以来已经活了两年，“我认为这是令人难以置信的”，卡塞纳奇说。
“即使我们把目标放在代表疾病负担大部分的情况下，我们仍然面临着治疗的阻力。所以，我们在试验中重新考虑我们的药物选择三次，“Catenacci说。这种“跟上肿瘤”的策略可能比仅仅基于原发性肿瘤分析的药物匹配要好，如果这种策略失败，那么盲目进行下一种治疗，就像目前的方法一样。“
“这些结果来自不同的队列，从大量医疗中心的大量合作努力中获得，并使用各种分子谱分析方法，都指出了GEA患者基线肿瘤遗传多样性的常见问题，这是多个靶向失败的一个原因治疗试验，“巴斯说。
作者总结说，基于原发肿瘤生物标志物评估的最初精确药物策略“迄今在GEA中的结果令人失望”。测试标准生物标志物阳性患者的大型临床试验通常“都未能改善结果”。
作者总结说：“这些挑衅性的结果挑战了当前的指导方针和实践。目前的组织取样实践“并没有有效地指导精密医学在这种疾病。应该系统地评估转移病灶和/或cfDNA的常规分析。“
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