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同时绘制大量单细胞基因组

单细胞基因组学已经吸引了许多分子生物学家的注意,并有潜力提前研究各种不同的疾病,特别是癌症,肿瘤异质性是一个潜在的问题,在发展的耐药性。现在,研究人员在俄勒冈健康与科学大学(OHSU)已经发现了一种快速有效地映射单细胞基因组内的清体在精密医学的重大进步的方式方法。
单细胞基因组测序检测细胞内的变化,特别是在肿瘤内是非常宝贵的。然而,缺乏一个高效的,成本效益的方法来映射大量的单个细胞的基因组,这使得它很难进行一种强大的分析必要的表征特定的基因组成的癌症肿瘤影响个人,或其他类型的细胞在体内。
“肿瘤是不断发展的,不断变化的,解释说:”高级研究员Andrew Adey、Ph.D.,分子医学在OHSU医学院的遗传学助理教授。”如果我们能够分解肿瘤的不同细胞成分,我们就能更精确地定位肿瘤。”
这项新的研究表明一个条形码细胞多次再测序方法。该方法大大扩展了可以映射的单细胞的数目。这项研究的结果最近发表在自然的方法,题为“测序数千个单细胞基因组与组合索引。”
“我们目前的单细胞测序组合索引(SCI SEQ)作为同时产生体细胞拷贝数变异检测低通单图书馆数以千计的手段,”作者写道。“我们构建了图书馆16698的单细胞联合培养的细胞系,灵长类动物的额叶皮层组织和两人腺癌,并得到了亚克隆变异的详细评估胰腺肿瘤内。”
使用新的细胞索引方法的奥研究人员构建基因组文库,等同于大约两个数量级,除了可以用传统的方法实现。在下一阶段的工作,Adey博士希望扩大了类型的信息可以在单细胞的访问,包括表观遗传特性相差很大,在不同类型的细胞在体内。
“这将使大的进步,”Adey博士说。”通过在OHSU的其他研究人员合作,我们希望开始在临床研究制定相当快地使用这个工具。”

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